Las enfermedades respiratorias agudas (ERA) transmisibles, son afecciones del tracto respiratorio superior o inferior, generalmente de etiología infecciosa, pueden producir un espectro de enfermedades que van desde infecciones asintomáticas o leves hasta enfermedades graves y fatales, dependiendo del patógeno causante, de factores ambientales y del huésped.

Este Programa tiene como objetivo implementar las estrategias necesarias para transitar de un esquema fundamentalmente reactivo, a uno de carácter preventivo en el tema de la prevención y control de las ER e influenza, para homogenizar y cubrir las necesidades de salud en la población causadas por este grupo de enfermedades.  

El Programa impulsa campañas de promoción y capacitación enfocadas a la prevención y control de las enfermedades respiratorias e influenza, además  diseñar e integrar el sistema de vigilancia epidemiológica de las enfermedades respiratorias e influenza para su monitoreo y evaluación.​